FJ巡洋舰的内饰也特色鲜明。首先，代表传统越野车风格的黑色调、方正竖直的线条与时下流行的银色贴面、圆形的设计元素很好的结合在了一起，如竖直的前中控台、方正的中控面板上就点缀有圆形的空调按钮、音响按钮以及各种仪表。其次，在内饰方面FJ巡洋舰有不少精巧的设计是为车主野外活动而专门打造的，如各项常用的按钮不仅触手可及而且尺寸都足够大，方便车主在颠簸的行车环境中使用；考虑到越野之后车辆的清洁，FJ巡洋舰的地板上铺了一层类似橡胶的东西，座椅表面也涂抹了一层不透水的树脂层。

    FJ 巡洋舰的驾驶员座椅可以进行八向调节，乘员座椅可进行四向调节，而且舒适性不错，一般人应该都能找到适合自己的乘坐姿势。它的后排座椅可以6/4分拆，但遗憾的是放倒后并不能完全与行李舱地板齐平，不过也相差无几。而且FJ的座椅即使涂抹了特殊的防水树脂依然具有卓越的通风透气性。

    我们实拍的这辆FJ巡洋舰顶级版本采用了手动方式调节空调和座椅，这确实有些落伍，但并不代表它在舒适性和安全性配置方面的整体水平。首先在舒适性和多功能方面，它拥有电动门窗、中控锁、仪表盘亮度调节、后视镜电动调节、115伏100/400瓦两种规格的交流电附件连接插座（115伏是美国标准，中国消费者必须通过变压器才能使用）、方向盘音响控制按钮、定速巡航控制杆、九喇叭六碟CD（FJ最独创的是在车顶安装有一对表面声音传感器，它们将车顶变成了一个扬声器振膜，能营造出一种更为宽广的声场，尽管如此，笔者依然认为FJ CRUISER的音响的表现非常的普通）以及一个越野三仪（包括指南针、水平仪和温度计）等等。 

    而在安全性方面，这辆旗舰FJ不仅标配有六个气囊并且安装有丰田最拿手的STAR安全系统，即车辆稳定控制系统（VSC）、牵引力控制系统（TRAC）、防抱死刹车系统（ABS）、电子制动力分配系统（EBD）和刹车辅助系统（BA），它们分别的功能是：ABS（四通道、四传感器）可以防止在紧急刹车时车轮抱死失去控制，而EBD则可以依据行车状况在前后车轮之间合理地分配制动力，牵引控制系统（TRAC）可以在容易打滑的路况下减小车轮滑移的发生，而VSC系统则通过监测前后轮在转弯时的滑动调节扭矩并对车轮实施制动来保持车辆的循迹能力。